肛瘺是感染性疾病，主要原因肯定是有感染源。 肛門是消化道末端，易藏汙納垢，如 便秘容易造成肛管的損傷，就直接導致隱窩區域，比如肛竇損傷。 腹瀉易造成分泌物或腸道的微生物堵塞肛隱窩，造成局部感染，局部感染以後，細菌繁殖通過肛腺穿透肛周的皮膚、括約肌及不同的間隙，造成區域感染，進一步加重，比如穿透皮膚，形成 膿腫破潰，往往就造成內外有通道的病理性管道。遷延日久就會形成病理性瘺管，變成肛瘺。 根據瘺管的走形不同，還有外口、內口的數量，來區分單純性肛瘺和復雜性肛瘺。
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