肛瘺必須及時到醫院肛腸科檢查以及治療。確診肛瘺以後，一般情況下手術是首選。 如果癥狀輕微，可以采取局部用藥，如中藥泡洗，肛門局部塗清熱解毒、消炎止痛的膏劑。另外，可以應用改善微循環的藥物。如果合並感染，如白細胞偏高或有 發燒癥狀，可以應用抗菌素進行幹預。大多數肛瘺都需要手術治愈。手術方式比較多，有肛瘺瘺管切除術、切開掛線術、LIFT手術、異體真皮植入以及肛瘺鏡等。 需要根據不同類型，采取最合適的治療方法，才能有很好的治療效果。
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