肛瘘必须及时到医院肛肠科检查以及治疗。确诊肛瘘以后，一般情况下手术是首选。 如果症状轻微，可以采取局部用药，如中药泡洗，肛门局部涂清热解毒、消炎止痛的膏剂。另外，可以应用改善微循环的药物。如果合并感染，如白细胞偏高或有 发烧症状，可以应用抗菌素进行干预。大多数肛瘘都需要手术治愈。手术方式比较多，有肛瘘瘘管切除术、切开挂线术、LIFT手术、异体真皮植入以及肛瘘镜等。 需要根据不同类型，采取最合适的治疗方法，才能有很好的治疗效果。
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